创新院为学校直属研究型学术机构，实行学术委员会领导下的院长负责制，下设四个部门：
（一）工程教育研究：依托原工程教育发展研究中心团队力量，聚焦工程教育理论体系构建与改革实践研究，校本研究，承担政策分析与战略咨询等相关职责。
（二）职业教育研究：依托世界技能大赛中国（上海）研究中心力量，主要围绕世界技能大赛及其他技能大赛的组织和国际对比开展高水平研究，为推进职业教育改革与发展提供科学决策依据。
（三）产教融合研究：依托上工程多年来学院与产业进行合作教育（Co-op）的传统优势，共同推动新时期我校工学院产教融合高质量发展，并提炼总结学校产教融合特色，引领地方应用型高校产教融合改革。
（四）综合管理部门：负责部门综合行政工作，科研管理和项目管理工作。